小昭寺创建于公元七世纪中叶，香火延绵已逾千年。　 　　根据五世达赖喇嘛所著的《大昭寺目录》等书记载：小昭寺主神殿原来主供文 成公主从长安带来的释迦牟尼12岁等身像，大昭寺主神殿原来主供尼泊尔的尺尊公主从加德满都带来的释迦牟尼8岁等身像。松赞干布逝世后，遵照文成公主的旨意，大昭寺和小昭寺释迦牟尼等身佛像进行了对换。 　　著名的拉萨上密院，也设在小昭寺内，这是格鲁派僧人研读佛经颇有成绩的喇嘛进一步深造、修习密乘的地方，上密院堪布兼任小昭寺主持。 　　小昭寺的名声和规模都比不上大昭寺，也没有那么热闹。但是别有特色。 　　2001年06月25日，小昭寺作为公元641年的古建筑，被国务院批准列入第五批全国重点文物保护单位名单。 　　小昭寺历史上几经火焚，现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的，只有底层神殿是早期的建筑，殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。顶层是汉式金瓦，金光闪闪，凌空摩天，拉萨各个方位均能看到，蔚为壮观。